Dzimis 1937. gada 1. novembrī Daugavpilī Viktora un Juzefas Daukštu četru bērnu ģimenē. Interese par mākslu radās jau bērnībā. Zīmēšanas parsmes zēns apguva Daugavpils Centrālā kultūras nama mākslas studijā. Pēc skolas beigšanas J.Daukšta pievienojās tēvam un uzsāka darbu uz upju kuģiem par matrozi. 1955. gadā J.Daukšta pievērsās glezniecībai un jau pēc diviem gadiem viņu uzaicināja strādāt Daugavpils Centrālajā kultūras namā par mākslinieku-noformētāju, kur viņš nostrādāja 45 gadus. Veselības dēl J.Daukštam nebija iespēju iegūt augstāko mākslas izglītību, bet savas gleznošanas prasmes viņš 15 gadus pilnveidoja gleznotāja Staņislava Kreica vadītajos gleznošanas kursos. Meistarību J.Daukšta pilnveidoja piedaloties plenēros Latvijā, kā arī Krimā un Kaukāzā. Pirmā J.Daukšta darbu izstāde 1960. gadā, saucās „Krimas etīdes”, bet otrā - „Grūzijas etīdes”.  J.Daukšta  piedalījies daudzās kolektīvajās izstādēs un rīkojis personālizstādes. Viņa darbi skatāmi Rēzeknes un Pleskavas (Krievija) muzejos, daudzu daugavpiliešu mājokļos.

No 2003. gada viņš ir bijis Latgales Brīvo mākslinieku asociācijas biedrs. J.Daukšta bijis dzimtā novada patriots. Viņu sajūsmināja viss, kas saistīts ar Latgali – vasaras rīti, kluss mežezers, Daugavpils cietoksnis, ceriņu pušķis, spilgtas saulespuķes, ziemas ainavas. Viņa gleznas izstaro sirsnību, tāpēc vienkāršajos sižetos attēlotais dabas skaistums šķiet vēl aizkustinošāks.

Nozīmīgākie mākslinieka darbi: „Dāvana sievai”, „Mana dzimtā puse”, „Manas bērnības ainava”, „Maijs. Ceriņi”, „Daugava. Rīts”. Īpašs ir cikls „Cietoksnis. Gadalaiki”, kas ietver piecas gleznas. J.Daukštam ir notikušas 6 personālizstādes: Daugavpilī, Rīgā, Krāslavā, Maskavā, Viļņā, Pleskavā un Novopolockā.

Miris 2021. gada 15. augustā.

Dzimis, dzīvoja un strādāja Daugavpilī.

1. Borodkina Jeļena. Iedvesmas avots - Latgales mīlestība : [par Daugavpils mākslinieku Jāni Daukštu : sakarā ar gleznotāja darbu izstādi Daugavpils Novadpētniecības un mākslas muzeja mākslas salonā "Māra"] / Jeļena Borodkina. - T.p. krievu val. laikr. "Латгалес лайкс" Nr.64 (2008, 22.aug.), 21.lpp. // Latgales Laiks. - ISSN 1407-9208. - Nr.64 (2008, 22.aug.), 11.lpp. : fotogr.

Literatūras saraksts par Jāņa Daukšta darbību LCB e-katalogā

Intervija ar J.Daukštu (krievu val.)