Jānis Pokulis dzimis 1938.gada 4.jūnijā Daugavpils apriņķa Asūnes pagasta Zambarovas sādžā zemnieku Elizabetes un Antona Pokuļa ģimenē. Zēns uzsāka skolas gaitas tuvējā Kairišu septiņgadīgajā skolā, turpināja mācības Dagdas vidusskolā, kuru pabeidza 1957.gadā. Tajā pašā gadā J.Pokulis iestājās Daugavpils Pedagoģiskā institūta (DPI) Dabaszinātņu fakultātē. Viņa studiju gadi bijuši ļoti aizraujoši, jo paralēli mācībām J.Pokulis dejoja studentu deju kolektīvā „Laima”, bija dramatiskās kopas dalībnieks, nodarbojies ar sportu. 1962.gadā viņš absolvēja DPI, iegūdams vidusskolas bioloģijas, ķīmijas un lauksaimniecības pamatu skolotāja kvalifikāciju. J.Pokuļa pirmā darba vieta bija Viļānu vidusskola, kur viņš pasniedza bioloģiju, ķīmiju, lauksaimniecības pamatus un fizkultūru.
No 1963. līdz 1976.gadam Jānis Pokulis vadīja DPI Agrobioloģisko staciju. Balstoties uz stacijā gūto darba pieredzi, 1975.gadā viņš A.Hercena Ļeņingradas Valsts pedagoģiskajā institūtā aizstāvēja disertāciju par tematu „Bioloģijas skolotāju sagatavošana darbam mācību laukā LPSR skolās” un ieguva pedagoģijas zinātņu kandidāta grādu.
1997.gadā J.Pokulis LU Pedagoģijas un psiholoģijas institūtā aizstāvēja habilitācijas darbu par tematu „Darbmācības skolotāju sagatavošanas metodiskā sistēma augstskolā” un ieguva habilitētā pedagoģijas doktora zinātnisko grādu.
No 1976. līdz 1993.gadam Jānis Pokulis strādāja DPI Botānikas un bioloģijas mācīšanas metodikas katedrā sākumā par vecāko pasniedzēju, vēlāk par docentu un katedras vadītāju. 1993.gadā J.Pokuļa vadībā tiek izveidota Darbmācības katedra, kuru viņš vadīja līdz tās likvidēšanai 2003.gadā. 1998.gadā J.Pokuli ievēlēja par DPU asociēto profesoru, 1999. un 2005.gadā – par profesoru.
1998.gadā Jānis Pokulis tika ievēlēts par Daugavpils Pedagoģiskās universitātes rektoru un pildīja šos pienākumus līdz 2002.gadam. Vadīt kolektīvu viņam palīdzēja sabiedriskā darba pieredze, kas tika gūta, pildot gan pilsētas padomes deputāta pienākumus, gan vadot Latgales Pētniecības institūta darbību (2000-2006). Viņa vadības laikā Daugavpils augstskola sāka gatavot ne tikai skolotājus, bet arī citu profesiju speciālistus, un 2001.gadā DPU tika pārveidota par Daugavpils Universitāti. Saimnieciskajā darbībā svarīgākais J.Pokuļa veikums bija DU studiju korpusa Vienības ielā 13 renovācija un ēkas priekšā esošā laukuma rekonstrukcija, kā arī augstskolas transporta parka pilnveidošana. Jānis Pokulis savos kontaktos ar studentiem bija vienkāršs un sirsnīgs. Būdams rektors, viņš 1998.gadā iedibināja DPU rektora stipendiju. Rektora J.Pokuļa laikā tika uzlaboti sadzīves apstākļi studentu dienesta viesnīcās.
2002.gadā veselības problēmu dēļ Jānis Pokulis atstāja rektora amatu, bet 2003.gadā atgriezās augstskolā un strādā DU Izglītības un vadības fakultātes Pedagoģijas katedrā, palīdzot studentiem apgūt mācību metodiku.
J.Pokulis ir 77 publikāciju, to skaitā 3 monogrāfiju, autors. Viņš piedalījies 25 starptautiskās konferencēs, kongresos un simpozijos. Par darbu augstskolā J.Pokulis ir saņēmis 34 dažāda veida apbalvojumus un pateicības.
2004.gadā profesoram Jānims Pokulim tika piešķirta Valsts emeritētā zinātnieka nosaukums.
Par ieguldījumu Daugavpils attīstībā J.Pokulim 2010.gadā tika piešķirts Goda daugavpilieša apbalvojums.
Pēdējos 20 gados J. Pokuļa interešu lokā bija arī novadpētniecība. No 2000. līdz 2006.gadam viņš vadīja Latgales Pētniecības institūtu. Sadarbībā ar novadnieku Oļegu Papsujeviču 2013.gadā tapa grāmata par zinātnieka dzimto pagastu "Asūnes pagasts: vēstures lappuses un ļaudis".
Ilgus gadus līdzās profesoram ir viņa dzīvesbiedre, pedagoģijas zinātnes maģistre, DU pasniedzēja Helga Pokule. Vecāku darba tradīcijas turpina viņu dēls DU Fizikas katedras docents Dr.phys. Raimonds Pokulis.

Miris 2016.gada 26.novembrī.

Dzīvoja un strādāja Daugavpilī.

1. Vaivode Eleonora (1944-). Mantojums un virzība : par maniem kolēģiem / Eleonora Terēzija Vaivode. - Daugavpils : Saule, 2007. - 520 lpp. : il. Grāmata veltīta Daugavpils Pedagoģiskā institūta, Daugavpils Pedagoģiskās universitātes un Daugavpils Universitātes docētājiem, kuri devuši nozīmīgu ieguldījumu zinātņu, augstskolas un vispārizglītojošās skolas pedagoģijas attīstībā. ISBN 9789984143552
2. Šteimans Josifs (1923-). Daugavpils augstskolas pedagogi un studenti / Josifs Šteimans ; Daugavpils Universitāte ; vāka dizains: Līga Vērdiņa. - Daugavpils : Daugavpils Universitātes Akadēmiskais apgāds "Saule", 2008. - 188 lpp., [32] lpp. ģīm. : tab. - Bibliogr.: 159.-161. lpp. - Personu rād.: 179.-188. lpp. / sast. B. Volkovičs. - J. Šteimana grāmatā aplūkota Daugavpils augstskolas vēsture no 1945.-2008. gadam, raksturoti mācībspēki un studentu darbība pēc augstskolas beigšanas.  ISBN 9789984144078

Jāņa Pokuļa darbu saraksts LCB e-katalogā

Literatūras saraksts par Jāņa Pokuļa darbību LCB e-katalogā