Dzimis 1947.gada 1.februārī Lietuvā, Zobolotjes ciemā netālu no Švenčones vecticībnieku ģimenē. Studējis filoloģiju Viļņas un Kaļiņingradas universitātē.1970.gadā J.Trofimovs uzsāka darbu par krievu valodas un literatūras skolotāju Kaļiņingradas apgabala Kalugas ciema skolā, kur septiņus gadus mācīja skolēniem krievu valodu.
1980.gadā J.Trofimovs aizstāvēja kandidāta disertāciju „N.Ņekrasovs – psiholoģiskās analīzes meistars”. Drīz vien viņu uzaicināja darbā uz Dragobičas pedagoģisko institūtu, kur viņš strādāja par pasniedzēju un katedras vadītāju.
1998.gadā viņš sāka strādāt Daugavpils Pedagoģiskajā institūtā Krievu literatūras un kultūras katedrā par docentu.
1999.gadā, pēc doktora disertācijas „Province krievu 1890.-1920.gadu avangarda prozā”, kļuva par augstskolas asociēto profesoru, bet 2003.gadā tika ievēlēts par profesoru.
Profesora J.Trofimova zinātnisko interešu sfēra bija ļoti plaša – no folkloras un senkrievu literatūras līdz XX gs. beigu literatūrai. Pēdējos gados viņš daudz uzmanības un spēka veltīja problēmai „Krievu literatūra reliģiskā kontekstā”. Šo pētījumu rezultāti tika atspoguļoti virknē rakstu zinātniskajos krājumos, kas veltīti vecticībnieku un pareizticīgo kultūrai, bet 2006.gadā Uļjanovskā iznāca viņa monogrāfija „Искушение литературой. Николай Гоголь и эстетика духовной прозы первой половины XIX века ”. Kā filologs un zinātnieks J.Trofimovs kļuva plaši pazīstams Latvijā, Lietuvā, Igaunijā, Krievijā, Baltkrievijā, Ukrainā, Polijā.
Viņš aktīvi iekļāvās Daugavpils sabiedriskajā un literārajā dzīvē: bija pilsētas literātu apvienības vadītājs, daudzu poētisko krājumu redaktors, skolotāju kursu organizators, redaktors izdevumam „Провинциальный альманах HRONOS”. No 2005. gada viņš bija Daugavpils Krievu kultūras centra Sabiedriskās padomes priekšsēdētājs.
Miris 2007.gada 18.februārī Daugavpilī.

Strādāja Daugavpils Universitātē.

1. In memoriam : [Daugavpils Universitātes Krievu literatūras un kultūras katedras profesora Josifa Trofimova (1947.-2007.) piemiņai] // Latgales Laiks. - ISSN 4079208. - Nr.15 (2007, 23.febr.), 8.lpp.

Josifa Trofimova darbu saraksts LCB e-katalogā

Literatūras saraksts par Josifa Trofimova darbību LCB e-katalogā